清朝与日木之医药市舶往还，大体与明时相似。日木汉方医学的发展以内部诸学派的兴起和自创一说为主，可称之为中日医药交流的理论独创期。

1、汉方医学诸学派

清初，飨庭东庵（1615~1673)、林市之进以宗刘完素，张子和之说为主，形成了“后世别派”。皆以天人合一、运气论、原病论等为主旨。

香月半山（1656~1740),宗李朱医学，拨中国历代医家著述之萃，立论稳健。而此时有名古屋玄医（1627~1733)崛起，与后世派相撷抗，为“古方派”鼻祖。宗喻嘉言，以张仲景为师。主张“依仲景之意但不为仲景之方所拘束”，重临证亲试，依实际立论。玄医门下，新论迭出，如东洞之“万病一毒”。认为水谷浊气留滞于腹成毒，毒动则万病发；外邪办毒，则由感受致病。治疗惟有去毒，用药即以毒攻毒。又以切脉不足证，以张仲景书本有按腹而诊，东洞遂大力提倡。腹诊之法至今为日本汉方医所宗。

望月鹿门(1680 ~1769 年), 字君彦。主张中庸折衷，信古方，用新方，遂扬折衷一派（又称考证学派）。此派收罗折衷，以阐发先圣遗旨为目的，故理论趋于平凡；而证医籍虽多穿凿，但综成汉医大系，厥功甚大。多纪元孝（1695~1766年)创跻寿馆，为折衷派根柢。

2、中国医家赴日与学术传播

清代中国医生仍不断有到日本行医或传授医学。

马寿安，号友松，以北山道长著名，著有《北山医案》、《北山医话》等。

戴笠，顺治十年（1653)避难到日，尤精痘科。池田正直从之学痘科，尽得其秘，池田家从此专业痘科，其四世孙瑞仙尤精，宽政年间（1789~1800)专设痘科，是日本有痘科之始。

陈明德，庆安年间（1648)来日，最精小儿科，著有《心医录》。

1721年陈振先来日，著《功能书》，经井元成加以和名，即《陈振先药草功能书》。1725年朱子章来日，幕府令医学有疑义可向其质疑问难。

此期日本对中国医书进行翻刊。1638年，有人据夏良心《本草纲目》江西刻本（1603)翻刻。1645年翻刻过《诸病源候论》；1663年翻刻陈实功《外科正宗》等书。这些中国医籍的翻刻，对日本医学起了扩大传播的作用。同期日本的针灸发展到鼎盛阶段。以杉山派针科最有名。杉山和一（1610~1694),从京师人江丰明学针术，1681年设针治讲习所教授诸生振兴针术。杉山且发明管针，从此针术有捻针、打针、管针三法。

3、日本的汉兰折衷

1720年日本准许西洋书入日，从此西洋医学（主要是荷兰医学）得以立足并传播。

山胁东洋(1705~1762 )在产科作了节新，继及刺络、眼、外、儿各科。尤其解剖学，作獭之解剖以为研究，由是汉兰折衷派创立。山胁东洋根据解剖所见, 著《脏志》一书。该书是日本最初的人体解剖观察记录, 为日本近代解剖学之嚆矢。

华冈青洲（1760~1835)运用自行研制麻醉汉方“通仙散”(又名“华冈麻沸汤”) 成功实施了世界首次全麻手术。此外，结合中医与荷兰医，创造了许多新手术法，后又办了私立医校“青林轩”，为汉兰医学折衷融合培养了一大批人才，促进了汉兰折衷派的发展。

【主要参考资料】《中国医学通史》P658

明末清初，中西医药交流颇为频繁，其中以传教士向中国介绍西医药知识为多。但从雍正开始禁教后，传教士感到在华行医传教难以进行。他们便转而研究中医中药，并将这些内容介绍到欧洲。

传教土选择了中医的脉学、针灸学和本草学三部分内容向欧洲介绍中国的医药知识。最早介绍脉学的是卜弥格的《医论》。英国名医弗洛伊尔(J.Floyer)受卜弥格译述的中医脉学的启示，致力于脉搏研究，并把他译述中医学的拉丁文稿译成英文，连同他自己所著的《医生诊脉表》书于1707年在伦教出版。

中医中药方面，杜赫德(Du Halde)根据传教士寄回欧洲的材料编写成四大卷《中国及鞑靼中国的地理、历史、王朝、政治情况全志》(简称《中国全志》)，于1735年在巴黎出版，不久便被译成英文和德文，在西欧颇有影响。出版于1779年的《中国事物辑录》，第四册述及天花及洗冤录所载刑狱检验法和道士的功夫；第三册有韩国英伯督关于鹿血的书信；第六册记男子宫刑；第十一册有韩国所著黄贝母、黄矾、朱砂等。另一名传教士巴多明在写往欧洲的书信(1723年5月1日)中详细地介绍了冬虫夏草、三七等药物。

针灸学方面，马可波罗在一封信中曾谈到过中国医疗用的针，可见17世纪针灸术已引起一部分欧洲人的注意，天主教士Du Helbe将针灸术传入欧洲，荷兰东印度公司的旁特最早记载了针术(1658年)；另一职员布绍夫(M.Busschof)用艾法治愈自己多年的痛风症，因面向荷兰介绍灸术，后被译成英文(1676年)。同年吉尔弗西斯用德文写《灸术》一书。德国医生甘弗(Kampfer,E.)于1712年完成《海外珍闻录》。18世纪以后欧洲人对针灸术认识渐多，出版介绍针灸的书约50种，德、法、英、瑞典，捷克等国均有介绍。法国从1808年到1821年短短20年中，就出版专门论述灸术的书籍约8种，并把针灸应用到内科(包括神经系统疾患)、外科、骨科、皮肤科、眼科、以及一些其它慢性疾病的治疗上。

从1700年到1840年的140年中，西方出版的关于中医药的书籍(不包括文章)共约60余种，计针灸方面47种,脉学5种,临床方面2种，药学方面1种,医学史方面2种。可见在此阶段针灸学是他们关注的重点。另外，临床方面的外科、产科、以及医学史也开始受到注意，从国家上看，这一阶段以法、德，英等国出版这方面的书籍为最多。

【主要参考资料】《中国医学通史》P661

膏药是外治传统剂型，一直被历代医家使用。明代已经较为注重使用膏药，但那时膏药大多用于伤外科疾病。到清代，吴师机氏总结前人经验，广罗民间秘验，用膏药及其他剂型外用药除治疗外科外，兼治内、妇、儿、五官诸科疾病，发扬了内病外治法，符合简、便、廉、验之原则，深受群众欢迎。他综合古今外治方药，经十几次修订，于同治二年（1864）年刊印《外治医说》，后更名为《理瀹骈文》。全书不分卷，正文部分用骈体文形式论述。此书对清以前外治法作了一次系统总结，是中国医学史上的第一部外治专著。吴氏认为内外治法“医理药性无二”，凡是内服汤丸都可以变为外治方药，应用于内、外、妇、儿、五官诸科，扩大了应用范围。外治方法不下数十种之多。其常用之清阳膏、散阴膏、金仙膏、夔膏、催生膏等，膏中药物亦不下数十味之多。意为膏不常道，且欲以统治众病，故用药多。临床应用则据证变通，或加洗药外洗，或加药散于膏中。以膏为纲，以药为目，膏治其常，药应其变，妥善处理了常变关系。即使外治亦强调辨证，治分三焦，且各有准绳。其他各种外治方法如:腐蚀、拔脓、生肌、收口、消肿、软坚、洗涤、熏熨、药物挂线及皮肤病的外治法等等，更是方药繁多，疗效卓著，显示无限活力。敷贴膏药广泛应用，促使膏药研制更为精良，从而促进外科诊疗水平提高。

【主要参考资料】《中国医学通史》近代卷P

雷丰(约1833-1888)，字少逸，自幼随其父雷逸仙移居浙江衢县，受业于其父，家学渊源，又喜博览群书，引伸触类，思路开阔。雷氏治学本诸《内经》，兼参先后圣贤之育，在治疗方面，根据实际经验，选取前人方剂，择善而从。于光绪八年（1882年）完成《时病论》这部时病专著。全书共8卷，以《内经》“冬伤于寒，春必病温；春伤于风，夏生飧泄；夏伤于暑，秋病亥疟；秋伤于湿，冬生咳嗽。”八句经文作为全书的纲领。书中概述了时病62种，拟定治法64则，临证验案85例、附论13首。雷氏注重四时六气之病，阐述了新感和伏气病的不同，又以四时为主线，阐述了不同季节外感病的发生发展机理和特点。一年有春、夏、秋、冬四季的交替，四时又各有主气，感受不同的时气，可引起不同的疾病。雷氏将四季之病的因、脉、证、治，条分缕析，互相比较，对后世全面认识和治疗四季新感之病，大有神益。在治疗方面提出了不少颇有见地的论述，如强调常变会通、重视养阴护液等。在温病学的发展中作出了一定成绩。

【主要参考资料】《中国医学通史》近代卷P16